Đền Maneonsa được biết là được xây dựng vào năm 1208, năm thứ tư dưới triều đại của Vua Heejong (r. 1204-1211) thuộc triều đại Goryeo.



Người ta kể rằng Chùa Manyeonsa được Đại sư Manyeon xây dựng sau khi ông mơ thấy 16 nahan, đệ tử của Đức Phật, chuẩn bị xây dựng một ngôi chùa để bảo tồn tượng Phật khi ông chợp mắt một lát trong chuyến hành trình trở về Chùa Songwangsa ở Núi Jogyesan từ Chùa Wonhyosa ở Núi Mudeungsan. Khi tỉnh dậy sau giấc ngủ trưa, anh nhận thấy tuyết đã bao phủ hoàn toàn khu vực xung quanh anh, ngoại trừ vị trí anh nằm, vẫn ấm đến mức tuyết đã tan và hơi nước bốc lên từ mặt đất. Sau đó, ông định cư ở khu vực này bằng cách xây dựng một hầm đào nơi ông tiếp tục thực hành khổ hạnh và sau đó xây dựng Đền Maneonsa.



Ngôi chùa đã bị phá hủy một phần trong Chiến tranh Triều Tiên (1950) và nỗ lực trùng tu đã được thực hiện vào năm 1978.